Equipe “Signalétique et asymétrie de la cellule bactérienne” du Laboratoire de Microbiologie Moléculaire et Biochimie Structurale (MMSB)
CNRS UMR 5086, UCBL1

Nous étudions les régulations spatiales et temporelles qui contrôlent la progression du cycle cellulaire de la bactérie Caulobacter crescentus. Nous nous intéressons au couplage entre les différents processus cellulaires essentiels à la survie (comme la réplication de l’ADN et la division cellulaire) et aux transitions d’un état dormant vers un état de prolifération.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : Nous combinons des approches de génétique bactérienne et de microscopie à fluorescence sur cellules vivantes, ainsi que des criblages génétiques couplés au séquençage à haut débit.

Site internet : https://mmsb.cnrs.fr/en/team/signaling-and-asymmetry-of-the-bacteria-cell/

Twitter : @GuzzoMathilde


Equipe RHIZOSPHERE au Laboratoire Ecologie Microbienne (Lyon)
Université Lyon 1, CNRS, INRAe, VetAgroSup

L’équipe Rhizosphère s’intéresse au microbiote racinaire des plantes, et particulièrement aux microorganismes (bactéries, ainsi que champignons endophytes) capables de stimuler la croissance des plantes.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : méta génomique méta barcoding de communautés microbiennes, phénotypage racinaire (winrhizo), Centre d’Etude des Substances Naturelles (Plateforme UMR5557), phénotypage bactérien (Plateforme UMR 5557 Parmic).

Site internet : https://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/Equipes-de-recherche/Rhizosphere-RHIZO

Twitter : compte Juliana Almario "@julianaalma" ; compte laboratoire "@ecomicrolyon"


Equipe “Génétique et Evolution des Interactions” au Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (Lyon)
Université Lyon1, CNRS, VetAgroSup, INRIA

L’équipe GEI s’intéresse à la nature et aux implications évolutives des interactions entre les multiples composantes des organismes (arthropodes) : du gène aux bactéries symbiotiques, en passant par les virus et les éléments transposables.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : génétique, génomique évolutive, écologie, (Dual)-RNAseq, RADseq, PoolSeq, ChipSeq ; pôle Rhone-Alpes de Bio-informatique (PRABI) ; Symbiotron (Plateforme FR BioEEnviS).

Site internet : https://lbbe-web.univ-lyon1.fr/fr/equipe-genetique-et-evolution-des-interactions
Twitter : @LbbeLyon


Equipe Dynamique Microbienne et Transmission Virale au Laboratoire Ecologie Microbienne (Lyon)
Université Lyon 1, CNRS, INRAe, VetAgroSup

L’équipe DMTV s’intéresse au rôle du microbiote (bactéries, levures, protistes) dans la biologie des moustiques vecteurs (e.g. influence dans les capacités adaptatives des moustiques, interférence avec la transmission des arbovirus, impact sur le comportement…).
Techniques clés et/ou plateaux techniques : approche multi-omique (métabarcoding de communautés microbiennes, métatranscriptomique, métabolomique), génération de moustiques axéniques / gnotobiotiques, Insectarium I2 (Plateau technique UMR5557), Centre d’Etude des Substances Naturelles (Plateforme UMR5557), Symbiotron (Plateforme FR BioEEnviS).

Site internet : https://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/Equipes-de-recherche/Dynamique-Microbienne-et-Transmission-Virale-DMTV
Twitter : compte Patricia Luis "@luispatricia6" ; compte laboratoire "@ecomicrolyon"


Equipe Microbiologie de l’environnement au laboratoire EVS-ISTHME (Environnement Ville Société) (St-Etienne)

Université Jean Monnet et IUT de St-Etienne

L’équipe travaille actuellement sur 3 problématiques :
-  Le risque Legionella : la dynamique des légionelles de la ressource au robinet du consommateur.
-  Les cyanobactéries : causes, conséquences, solutions pour les eaux de baignades. Actuellement étude de cas du Lac de Devesset (Ardèche 07).
-  Évaluations en conditions réelles de dispositifs de purification d’air dans le contexte de la pandémie Covid.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : Techniques d’analyses par culture, qPCR, séquençage, cytométrie en flux, microscopie. Analyses des paramètres physico-chimiques de base. Analyses et cartographies SIG - Prélèvements d’eau par préleveur horizontal et drone aquatique. Prélèvements d’air par la technologie Coriolis.

Site internet : https://umr5600.cnrs.fr/fr/accueil/


Équipe Physiologie intégrative des interactions hôte-microbes à L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL)
ENS de Lyon, CNRS UMR 5242, UCBL1, INRA USC1370

Nous visons à déchiffrer comment les bactéries commensales façonnent la réponse des juvéniles à leur environnement nutritionnel et comment les juvéniles dans un tel environnement nutritionnel influencent l’écologie et la physiologie de leurs partenaires bactériens.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : gnotobiologie couplée à la génétique, la génomique fonctionnelle, l’imagerie et les approches biochimiques chez les bactéries et chez les animaux (drosophile et souris). Plateforme de séquençage de l’IGFL (PSI) et plateformes animalières Arthro-Tools et PBES (UMS 3444).

Site internet : http://igfl.ens-lyon.fr/equipes/f.-leulier-functional-genomics-of-host-intestinal-bacteria-interactions

Twitter : compte Renata Matos @renatafcmatos ; compte laboratoire @LeulierLab


Équipe Bactéries Pathogènes et Phosphorylation des Protéines du Laboratoire de Microbiologie Moléculaire et Biochimie Structurale (MMSB)
CNRS UMR 5086, UCBL1

Le travail de l’équipe est axé sur la biologie de la bactérie pathogène Streptococcus pneumoniae (pneumocoque). Nous nous intéressons non seulement aux processus de régulation gouvernant le cycle cellulaire (division cellulaire et morphogenèse, homéostasie de la paroi cellulaire et duplication du patrimoine génétique) mais également aux processus d’assemblage et d’export de sa capsule polysaccharidique qui représente son principal facteur de virulence. Une attention particulière est également portée à l’étude des mécanismes de tolérance et résistance aux antibiotiques.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : Nous mettons en oeuvre une approche intégrée et multidisciplinaire faisant appel à la biologie moléculaire, la biochimie, la génétique bactérienne, la biologie structurale et l’imagerie cellulaire. Nous utilisons activement la Plateforme de Protein Sciences (UMS 3444).

Site internet : https://mmsb.cnrs.fr/equipe/bacteries-pathogenes-et-phosphorylation-des-proteines/

Twitter : @GrangeasseTeam


Fédération des Recherches Systèmes Microbiens (SysMic) (Pôle Clermontois)
Tutelles : Université Clermont Auvergne (UCA), INRAe

La Fédération des recherches SysMic comprend 4 Unités porteuses : UMR 6023 CNRS/UCA LMGE ; UMR 454 UCA/INRAE MEDIS ; UMR 1071 Inserm/UCA, USC INRAE 2018 M2iSH ; UMR 0545 INRAE/UCA/VetAgro Sup UMRF et 8 Unités associées.

L’objectif de la Fédération est d’associer l’ensemble des forces vives de recherche travaillant sur les microorganismes, en lien avec leur biotope, leurs intérêts en biotechnologie, en nutrition et dans le secteur de la santé. Les équipes de recherche de la fédération interagissent autour de 4 axes stratégiques interconnectés : holobionte, pathobiome, évolution génomique microbienne et biotransformation-bioprocédés. Ces recherches à l’interface Environnement-Nutrition-Santé permettront de répondre aux enjeux émergents liés, notamment, à l’écologie de la santé.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : ensemble des plateaux des unités de la fédération, en perspective un plateau culturomique.

Site internet :
https://www.uca.fr/recherche/structures-de-recherche/autres-structures-de-recherche/federation-des-recherches-systemes-microbiens-sysmic
Twitter : @UCAuvergne


Equipe TrEE (Translational microbial Evolution and Engineering) à Laboratoire TIMC (Translational Innovation in Medicine and Complexity (Grenoble)
Tutelles : UMR5525 CNRS/ Université Grenoble Alpes

L’équipe TrEE s’intéresse à l’évolution microbienne et au dialogue hôte/microbe. Nous développons des approches fondamentales pour étudier des processus évolutifs et adaptatifs et étudions l’interface homme-microbe en santé notamment au niveau de la relation microbiote / métabolisme bactérien / immunité de l’hôte. Nous nous situons dans le champ de la microbiologie et des biotechnologies pour la santé dans un objectif d’innovation diagnostique et/ou thérapeutique.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : Ingéniérie bactérienne, Protéines recombinantes, métabolomique non ciblée par LC MS/MS, Modèles animaux d’infection, de cancer, de maladies auto-immunes et analyses phénotypique et fonctionnelle de la réponse immunitaire par cytométrie en flux et/ou test in vitro.
Site internet : https://www.timc.fr/TrEE
Twitter : @TIMC_Lab


Equipe SYMBIOSE ACTINORHIZIENNE au Laboratoire Ecologie Microbienne (Lyon)
Université Lyon 1, CNRS, INRAe, VetAgroSup

L’équipe SYM s’intéresse à la symbiose impliquant des arbres ou arbustes et une actinobactérie filamenteuse, Frankia. De l’association entre ces deux partenaires résulte la formation d’un organe au niveau des racines dédié aux échanges trophiques : la nodosité où la bactérie fixe l’azote atmosphérique et fournit des composés azotés à la plante hôte en échange de composés organiques dérivés de son activité photosynthétique. Ces plantes dites actinorhiziennes sont des plantes pionnières et constituent ainsi les premiers maillons d’une implantation pérenne d’un écosystème plus divers. Nos activités se déclinent sous deux thèmes pour comprendre (i) les mécanismes de l’interaction actinorhizienne et (ii) l’évolution et l’écologie de cette symbiose.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : génomique, transcriptomique, métabolomique (Centre d’Etude des Substances Naturelles), métabarcoding, fixation d’azote (Plateforme UMR 5557 AME), phénotypage de Frankia et de l’aulne (Plateforme Serre, FR).

Site internet : https://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/Equipes-de-recherche/Symbiose-actinorhizienne-SYM

Twitter : compte laboratoire @ecomicrolyon


Laboratoire Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions - BF2i (Lyon)
INRAE, INSA-Lyon

Le laboratoire BF2i étudie les interactions mutualistes entre bactéries et insectes ravageurs. Ces endosymbioses nutritionnelles sont étudiées aux niveaux évolutif, mécanistique et fonctionnel, mais aussi opérationnel. La thématique ’Génomique Fonctionnelle des Interactions Trophiques dans la symbiose’ (SymT) analyse ces interactions biologiques complexes chez le puceron du pois, tandis que la thématique ’Symbiose et Signalisations Immunitaires’ (SymSIm) s’intéresse plus particulièrement aux charançons des céréales. Enfin, la thématique ‘Insect engineering’ (InEn) se concentre sur le développement de stratégies innovantes pour une gestion plus écologique et durable des ravageurs dans les agroécosystèmes.

Techniques clés : microscopie photonique et électronique (dont cryofixation haute pression), FISH, immunohistochimie, analyses métaboliques, analyses transcriptomiques (dont Dual RNASeq), reconstruction de réseaux métaboliques et génétiques, techniques d’inactivation fonctionnelle de produits de gènes (ARNi), expression hétérologue de protéines, analyses épigénétiques

Plateaux techniques :
A3M (Analyse Métabolisme Modélisation Moléculaire) : identification et quantification d’acides aminés et sucres ; Symagerie : Imagerie des systèmes symbiotiques ; Phytotron : production des plantes nécessaires aux études sur les interactions Plante-Insecte et pour l’élevage de certains insectes ; Cytomètre : cytomètre BD Accuri C6 pour l’étude de cellules hôtes ou de bactéries symbiotiques.

Site internet : https://bf2i.insa-lyon.fr/fr
Twitter : @INRAE_UMR_BF2I


UMR MEDiS (Clermont-Ferrand)
Université Clermont Auvergne, INRAE

L’unité MEDiS s’intéresse au fonctionnement de l’écosystème digestif et en particulier aux interactions des micro-organismes entre eux ou avec leur environnement (aliment, agent pathogène, xénobiotique, etc). L’objectif est de proposer des stratégies de prévention et/ou de traitement de situations physiopathologiques.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : culture de bactéries anaérobies strictes, simulation de l’environnement digestif (Digest-IV), bioinformatique et capture de gènes, galénique et évaluation biopharmaceutique (Galbiopharm), exploration du métabolisme (PFEMcp), animaux gnotobiotiques, laboratoires BSL2 et BSL3.

site internet : https://www6.clermont.inrae.fr/medis/


Equipe Pathogenèse Bactérienne & Réponses Cellulaires (PBRC) à Institut de Biologie Structurale (IBS) - Grenoble - Ina Attrée

PBRC étudie les stratégies de virulence utilisées par différents isolats cliniques de P. aeruginosa, une bactérie ubiquitaire, pathogène opportuniste provoquant des infections chroniques ou aiguës. Plus particulièrement, notre objectif est d’identifier les mécanismes moléculaires que le pathogène utilise pour coloniser des organes, résister au système immunitaire et aux antibiotiques et pour traverser les barrières épithéliales et endothéliales de l’organisme.

Techniques clés et/ou plateaux techniques :

  • approches intégrées (génétique, biochimique, infection de modèles cellulaires et in vivo)
  • screens génétiques de type CRISPR-Cas et Tn-Seq
  • criblage assisté par microscopie automatisée

Site internet : https://www.ibs.fr/recherche/groupes-de-recherche/groupe-pathogenese-bacterienne-et-reponses-cellulaires-ina-attree/

Twitter : @inaattree


Equipe Pathogénèse des Légionnelles, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), Lyon.
Inserm U1111 – CNRS UMR5308 – ENS de Lyon – Université Lyon 1

La thématique générale de l’équipe est la compréhension des différents aspects de la pathogénèse des Légionelles au travers de trois axes de recherche principaux : i) identifier les déterminants bactériens et les voies cellulaires de la virulence vis-à-vis des cellules hôtes, ii) caractériser les mécanismes de résistance et/ou de persistance mis en cause lors des échecs thérapeutiques, iii) identifier les déterminants bactériens, humains ou du microbiote associé, ainsi que les facteurs environnementaux (pollution) associés aux cas les plus sévères de la Légionellose.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : nous développons une stratégie intégrée et pluridisciplinaire incluant l’étude des mécanismes moléculaires par des approches de génétique, transcriptomique, biochimie, microscopie et cytométrie ; l’étude de la physiopathologie et la réponse immunitaire de la légionellose sur des modèles sophistiqués de cellules/tissus humains (développement du modèle « lung-on-a-chip ») et la microbiologie clinique et l’épidémiologie avec le développement d’outils de suivi et de diagnostic de la légionellose et du séquençage haut-débit.
Site internet : https://ciri.ens-lyon.fr/teams/LegioPath
Twitter : @CIRI_Lyon


Chromatine et Régulation de la Pathogénie (CRP), UMR Microbiologie Adaptation Pathogénie
UMR5240, MAP, CNRS, INSA , UCBL

L’objectif de l’équipe Chromatine et Régulation de la Pathogénie (CRP) est de développer une vision intégrative de la régulation de la virulence chez la bactérie phytopathogène Dickeya dadantii. La régulation rapide et précise de l’expression des gènes, en réponse aux signaux intracellulaires ou environnementaux en condition in vitro ou in planta, repose sur des programmes génétiques et métaboliques complexes et robustes. Nous étudions dans l’équipe en particulier le lien entre (i) la dynamique du chromosome (organisation spatiale, topologie de l’ADN, distribution des protéines associées au nucléoïde) et la régulation génétique et (ii) l’interconnexion entre virulence-métabolisme et l’immunité de la plante.

Techniques clés et/ou plateaux techniques :
Nous mettons en œuvre une approche intégrée et multidisciplinaire faisant appel à la biologie moléculaire, la biochimie, la génétique bactérienne et l’imagerie cellulaire (méthodes de transcriptomique (RNA-seq, dual RNA-seq), métabolomique, métabarcoding, génomique, microscopies etc). Nous utilisons la plateforme de protéomique du MAP, métabolomique de BF2i, Symbiotron et DTAMB (Plateforme FR BioEnviS) etc

Site internet : https://map.insa-lyon.fr/fr/content/chromatine-et-regulation-de-pathogenie-bacterienne

Twitter : @MAP_UMR5240 et @FEZrhizosphere


GÉNOMIQUE FONCTIONNELLE DES CHAMPIGNONS PHYTOPATHOGÈNES, UMR Microbiologie Adaptation Pathogénie
UMR5240, MAP, CNRS, INSA , UCBL

Les champignons phytopathogènes sont capables de mettre en place des processus infectieux complexes nécessitant la différenciation de structures spécialisées, une adaptation aux conditions nutritionnelles que constitue l’hôte végétal, et enfin la mise en place de mécanismes permettant de contrer les réponses de défenses des plantes. Nos objectifs concernent l’étude des mécanismes moléculaires essentiels au processus infectieux des champignons phytopathogènes, et en particulier l’identification de nouvelles fonctions cellulaires et métaboliques associées spécifiquement aux phases précoces du cycle infectieux (germination de la spore, différenciation de structures de pénétration, colonisation précoce).

Site internet :https://map.insa-lyon.fr/fr/content/genomique-fonctionnelle-champignons-phytopathogenes

Twitter : @MAP_UMR5240