Les équipes/laboratoires sont classés ci-dessous par ordre alphabétique

Équipe "Bactéries Pathogènes et Phosphorylation des Protéines" du Laboratoire de Microbiologie Moléculaire et Biochimie Structurale (MMSB), Lyon
CNRS UMR 5086, UCBL1

Le travail de l’équipe est axé sur la biologie de la bactérie pathogène Streptococcus pneumoniae (pneumocoque). Nous nous intéressons non seulement aux processus de régulation gouvernant le cycle cellulaire (division cellulaire et morphogenèse, homéostasie de la paroi cellulaire et duplication du patrimoine génétique) mais également aux processus d’assemblage et d’export de sa capsule polysaccharidique qui représente son principal facteur de virulence. Une attention particulière est également portée à l’étude des mécanismes de tolérance et résistance aux antibiotiques.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : Nous mettons en oeuvre une approche intégrée et multidisciplinaire faisant appel à la biologie moléculaire, la biochimie, la génétique bactérienne, la biologie structurale et l’imagerie cellulaire. Nous utilisons activement la Plateforme de Protein Sciences (UMS 3444).

Site internet : https://mmsb.cnrs.fr/equipe/bacteries-pathogenes-et-phosphorylation-des-proteines/

Twitter : @GrangeasseTeam


Laboratoire BF2i : Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions, Lyon
INRAE, INSA-Lyon

Le laboratoire BF2i étudie les interactions mutualistes entre bactéries et insectes ravageurs. Ces endosymbioses nutritionnelles sont étudiées aux niveaux évolutif, mécanistique et fonctionnel, mais aussi opérationnel. La thématique ’Génomique Fonctionnelle des Interactions Trophiques dans la symbiose’ (SymT) analyse ces interactions biologiques complexes chez le puceron du pois, tandis que la thématique ’Symbiose et Signalisations Immunitaires’ (SymSIm) s’intéresse plus particulièrement aux charançons des céréales. Enfin, la thématique ‘Insect engineering’ (InEn) se concentre sur le développement de stratégies innovantes pour une gestion plus écologique et durable des ravageurs dans les agroécosystèmes.

Techniques clés : microscopie photonique et électronique (dont cryofixation haute pression), FISH, immunohistochimie, analyses métaboliques, analyses transcriptomiques (dont Dual RNASeq), reconstruction de réseaux métaboliques et génétiques, techniques d’inactivation fonctionnelle de produits de gènes (ARNi), expression hétérologue de protéines, analyses épigénétiques

Plateaux techniques :
A3M (Analyse Métabolisme Modélisation Moléculaire) : identification et quantification d’acides aminés et sucres ; Symagerie : Imagerie des systèmes symbiotiques ; Phytotron : production des plantes nécessaires aux études sur les interactions Plante-Insecte et pour l’élevage de certains insectes ; Cytomètre : cytomètre BD Accuri C6 pour l’étude de cellules hôtes ou de bactéries symbiotiques.

Site internet : https://bf2i.insa-lyon.fr/fr
Twitter : @INRAE_UMR_BF2I


CRP : Chromatine et Régulation de la Pathogénie , UMR Microbiologie Adaptation Pathogénie, Lyon
UMR5240, MAP, CNRS, INSA , UCBL

L’objectif de l’équipe Chromatine et Régulation de la Pathogénie (CRP) est de développer une vision intégrative de la régulation de la virulence chez la bactérie phytopathogène Dickeya dadantii. La régulation rapide et précise de l’expression des gènes, en réponse aux signaux intracellulaires ou environnementaux en condition in vitro ou in planta, repose sur des programmes génétiques et métaboliques complexes et robustes. Nous étudions dans l’équipe en particulier le lien entre (i) la dynamique du chromosome (organisation spatiale, topologie de l’ADN, distribution des protéines associées au nucléoïde) et la régulation génétique et (ii) l’interconnexion entre virulence-métabolisme et l’immunité de la plante.

Techniques clés et/ou plateaux techniques :
Nous mettons en œuvre une approche intégrée et multidisciplinaire faisant appel à la biologie moléculaire, la biochimie, la génétique bactérienne et l’imagerie cellulaire (méthodes de transcriptomique (RNA-seq, dual RNA-seq), métabolomique, métabarcoding, génomique, microscopies etc). Nous utilisons la plateforme de protéomique du MAP, métabolomique de BF2i, Symbiotron et DTAMB (Plateforme FR BioEnviS) etc

Site internet : https://map.insa-lyon.fr/fr/content/chromatine-et-regulation-de-pathogenie-bacterienne

Twitter : @MAP_UMR5240 et @FEZrhizosphere


Equipe DAB : Diversité Adaptation des bactéries phytopathogènes, Laboratoire Ecologie Microbienne, Lyon
Université Lyon 1, CNRS, INRAE

L’équipe DABP s’intéresse aux nanoparticules biologiques (vésicules extracellulaires et bactériophages) et à leurs rôles écologiques dans l’interaction entre des bactéries phytopathogènes et la plante hôte mais aussi entre microorganismes.

Techniques clés et/ou plateaux techniques :
Purification et caractérisation des vésicules extracellulaires bactériennes et des bactériophages, écologie des bactériophages et des vésicules extracellulaires, écologie et génétique bactérienne des modèles bactériens Agrobacterium et Xanthomonas, Interactions plantes-bactéries, Membres du centre d’Etude des Substances Naturelles (Plateforme métabolomique UMR5557),
Site internet :
https://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/Equipes-de-recherche/Diversite-et-adaptation-des-bacteries-phytopathogenes-DABP
Twitter : compte laboratoire @ecomicrolyon


Equipe DMTV : Dynamique Microbienne et Transmission Virale au Laboratoire Ecologie Microbienne (Lyon)
Université Lyon 1, CNRS, INRAe, VetAgroSup

L’équipe DMTV s’intéresse au rôle du microbiote (bactéries, levures, protistes) dans la biologie des moustiques vecteurs (e.g. influence dans les capacités adaptatives des moustiques, interférence avec la transmission des arbovirus, impact sur le comportement…).
Techniques clés et/ou plateaux techniques : approche multi-omique (métabarcoding de communautés microbiennes, métatranscriptomique, métabolomique), génération de moustiques axéniques / gnotobiotiques, Insectarium I2 (Plateau technique UMR5557), Centre d’Etude des Substances Naturelles (Plateforme UMR5557), Symbiotron (Plateforme FR BioEEnviS).

Site internet : https://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/Equipes-de-recherche/Dynamique-Microbienne-et-Transmission-Virale-DMTV
Twitter : compte Patricia Luis "@luispatricia6" ; compte laboratoire "@ecomicrolyon"


Laboratoire EVS-ISTHME (Environnement Ville Société) -Equipe Microbiologie de l’environnement, St-Etienne
Université Jean Monnet et IUT de St-Etienne

L’équipe travaille actuellement sur 3 problématiques :
  Le risque Legionella : la dynamique des légionelles de la ressource au robinet du consommateur.
  Les cyanobactéries : causes, conséquences, solutions pour les eaux de baignades. Actuellement étude de cas du Lac de Devesset (Ardèche 07).
  Évaluations en conditions réelles de dispositifs de purification d’air dans le contexte de la pandémie Covid.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : Techniques d’analyses par culture, qPCR, séquençage, cytométrie en flux, microscopie. Analyses des paramètres physico-chimiques de base. Analyses et cartographies SIG - Prélèvements d’eau par préleveur horizontal et drone aquatique. Prélèvements d’air par la technologie Coriolis.

Site internet : https://umr5600.cnrs.fr/fr/accueil/


Equipe FGPF : Génomique Fonctionnelle des Champignons Phytopathogènes, UMR Microbiologie Adaptation Pathogénie, Lyon
CNRS, INSA , UCBL

Notre équipe a pour objectif d’identifier le dialogue moléculaire mis en place entre un champignon pathogène et une plante hôte et préciser l’influence des variations environnementale et du microbiote de la plante sur la modulation des signaux émis par les deux partenaires.

Techniques clés et/ou plateaux techniques :
Nous développons une stratégie intégrée et pluridisciplinaire basée sur des approches de génétique et physiologie fongiques, analyses omiques, construction de lignées d’Arabidopsis modifiées, purification de vésicules intra et extracellulaires. Nous avons accès à des phytotrons, microscopie confocale, NTA, HCA
Site internet : https://map.insa-lyon.fr/fr/content/genomique-fonctionnelle-champignons-phytopathogenes
Twitter : @MAP_UMR5240


Equipe GEI : “Génétique et Evolution des Interactions” au Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (Lyon)
Université Lyon1, CNRS, VetAgroSup, INRIA

L’équipe GEI s’intéresse à la nature et aux implications évolutives des interactions entre les multiples composantes des organismes (arthropodes) : du gène aux bactéries symbiotiques, en passant par les virus et les éléments transposables.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : génétique, génomique évolutive, écologie, (Dual)-RNAseq, RADseq, PoolSeq, ChipSeq ; pôle Rhone-Alpes de Bio-informatique (PRABI) ; Symbiotron (Plateforme FR BioEEnviS).

Site internet : https://lbbe-web.univ-lyon1.fr/fr/equipe-genetique-et-evolution-des-interactions
Twitter : @LbbeLyon


Equipe Legiopath : Pathogénèse des Légionnelles, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), Lyon
Inserm U1111 – CNRS UMR5308 – ENS de Lyon – Université Lyon 1

La thématique générale de l’équipe est la compréhension des différents aspects de la pathogénèse des Légionelles au travers de trois axes de recherche principaux : i) identifier les déterminants bactériens et les voies cellulaires de la virulence vis-à-vis des cellules hôtes, ii) caractériser les mécanismes de résistance et/ou de persistance mis en cause lors des échecs thérapeutiques, iii) identifier les déterminants bactériens, humains ou du microbiote associé, ainsi que les facteurs environnementaux (pollution) associés aux cas les plus sévères de la Légionellose.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : nous développons une stratégie intégrée et pluridisciplinaire incluant l’étude des mécanismes moléculaires par des approches de génétique, transcriptomique, biochimie, microscopie et cytométrie ; l’étude de la physiopathologie et la réponse immunitaire de la légionellose sur des modèles sophistiqués de cellules/tissus humains (développement du modèle « lung-on-a-chip ») et la microbiologie clinique et l’épidémiologie avec le développement d’outils de suivi et de diagnostic de la légionellose et du séquençage haut-débit.
Site internet : https://ciri.ens-lyon.fr/teams/LegioPath
Twitter : @CIRI_Lyon


UMR MEDiS (Clermont-Ferrand)
Université Clermont Auvergne, INRAE

L’unité MEDiS s’intéresse au fonctionnement de l’écosystème digestif et en particulier aux interactions des micro-organismes entre eux ou avec leur environnement (aliment, agent pathogène, xénobiotique, etc). L’objectif est de proposer des stratégies de prévention et/ou de traitement de situations physiopathologiques.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : culture de bactéries anaérobies strictes, simulation de l’environnement digestif (Digest-IV), bioinformatique et capture de gènes, galénique et évaluation biopharmaceutique (Galbiopharm), exploration du métabolisme (PFEMcp), animaux gnotobiotiques, laboratoires BSL2 et BSL3.

site internet : https://www6.clermont.inrae.fr/medis/


Equipe MTSB, laboratoire MAP UMR5240, Villeurbanne
CNRS UCBL INSA Lyon

L’équipe s’intéresse à l’identification et la compréhension du rôle des facteurs de virulence de bactéries phytopathogènes.
Plus particulièrement, les objectifs de l’équipe MTSB sont de décrire les mécanismes moléculaires par lesquels les bactéries adaptent leur réponse aux environnements changeants, en mettant l’accent sur les processus membranaires (sécrétion, efflux/import, signalisation et préservation de l’enveloppe).

Techniques clés et/ou plateaux techniques :
Purification de protéines (système Akta)
Génétique bactérienne
Tn-Seq
Site internet : https://map.insa-lyon.fr/fr/content/trafic-et-signalisation-membranaires-chez-bacteries


Equipe PBRC : Pathogenèse Bactérienne & Réponses Cellulaires à Institut de Biologie Structurale (IBS) - Grenoble - Ina Attrée

PBRC étudie les stratégies de virulence utilisées par différents isolats cliniques de P. aeruginosa, une bactérie ubiquitaire, pathogène opportuniste provoquant des infections chroniques ou aiguës. Plus particulièrement, notre objectif est d’identifier les mécanismes moléculaires que le pathogène utilise pour coloniser des organes, résister au système immunitaire et aux antibiotiques et pour traverser les barrières épithéliales et endothéliales de l’organisme.

Techniques clés et/ou plateaux techniques :

  • approches intégrées (génétique, biochimique, infection de modèles cellulaires et in vivo)
  • screens génétiques de type CRISPR-Cas et Tn-Seq
  • criblage assisté par microscopie automatisée

Site internet : https://www.ibs.fr/recherche/groupes-de-recherche/groupe-pathogenese-bacterienne-et-reponses-cellulaires-ina-attree/

Twitter : @inaattree


Equipe PERSIST, Ciri, Lyon
Inserm, CNRS, ENS Lyon, Université Lyon 1

Notre équipe s’intéresse au phénomène d’hétérogénéité phénotypique et sa contribution aux processus biologiques avec un focus sur les processus infectieux et évolutifs et les échecs thérapeutiques.

Techniques clés et/ou plateaux techniques :
Nous associons des méthodes de microbiologie, de biologie cellulaire et de biologie moléculaire à des modèles d’infection innovants et à des systèmes d’acquisition quantitatifs à l’échelle de la cellule unique, à la microscopie multiparamétrique à haute résolution, à l’analyse omique et aux approches de perte de fonction.

Site internet : https://ciri.ens-lyon.fr/teams/persist
Twitter : @Personniclab


Équipe "Physiologie intégrative des interactions hôte-microbes" à L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL)
ENS de Lyon, CNRS UMR 5242, UCBL1, INRA USC1370

Nous visons à déchiffrer comment les bactéries commensales façonnent la réponse des juvéniles à leur environnement nutritionnel et comment les juvéniles dans un tel environnement nutritionnel influencent l’écologie et la physiologie de leurs partenaires bactériens.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : gnotobiologie couplée à la génétique, la génomique fonctionnelle, l’imagerie et les approches biochimiques chez les bactéries et chez les animaux (drosophile et souris). Plateforme de séquençage de l’IGFL (PSI) et plateformes animalières Arthro-Tools et PBES (UMS 3444).

Site internet : http://igfl.ens-lyon.fr/equipes/f.-leulier-functional-genomics-of-host-intestinal-bacteria-interactions

Twitter : compte Renata Matos @renatafcmatos ; compte laboratoire @LeulierLab


Equipe RHIZOSPHERE au Laboratoire Ecologie Microbienne (Lyon)
Université Lyon 1, CNRS, INRAe, VetAgroSup

L’équipe Rhizosphère s’intéresse au microbiote racinaire des plantes, et particulièrement aux microorganismes (bactéries, ainsi que champignons endophytes) capables de stimuler la croissance des plantes.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : méta génomique méta barcoding de communautés microbiennes, phénotypage racinaire (winrhizo), Centre d’Etude des Substances Naturelles (Plateforme UMR5557), phénotypage bactérien (Plateforme UMR 5557 Parmic).

Site internet : https://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/Equipes-de-recherche/Rhizosphere-RHIZO

Twitter : compte Juliana Almario "@julianaalma" ; compte laboratoire "@ecomicrolyon"


Equipe “Signalétique et asymétrie de la cellule bactérienne” du Laboratoire de Microbiologie Moléculaire et Biochimie Structurale (MMSB)
CNRS UMR 5086, UCBL1

Nous étudions les régulations spatiales et temporelles qui contrôlent la progression du cycle cellulaire de la bactérie Caulobacter crescentus. Nous nous intéressons au couplage entre les différents processus cellulaires essentiels à la survie (comme la réplication de l’ADN et la division cellulaire) et aux transitions d’un état dormant vers un état de prolifération.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : Nous combinons des approches de génétique bactérienne et de microscopie à fluorescence sur cellules vivantes, ainsi que des criblages génétiques couplés au séquençage à haut débit.

Site internet : https://mmsb.cnrs.fr/en/team/signaling-and-asymmetry-of-the-bacteria-cell/

Twitter : @GuzzoMathilde


Equipe STAPATH, Laboratoire CIRI, Lyon
Université Lyon 1, Inserm, CNRS, ENS Lyon

L’équipe s’intéresse à la pathogénie des staphylocoques et notamment à tous les mécanismes de régulation de la virulence , ainsi qu’aux interactions microbiennes et leurs impacts sur la virulence.

Techniques clés et/ou plateaux techniques :
Génétique bactérienne - analyses omiques et bio-informatique - modèle d’infection cellulaire et in vivo
Site internet : https://ciri.ens-lyon.fr/teams/stapath
Twitter : @StaphPath_CIRI


Equipe SYMBIOSE ACTINORHIZIENNE au Laboratoire Ecologie Microbienne (Lyon)
Université Lyon 1, CNRS, INRAe, VetAgroSup

L’équipe SYM s’intéresse à la symbiose impliquant des arbres ou arbustes et une actinobactérie filamenteuse, Frankia. De l’association entre ces deux partenaires résulte la formation d’un organe au niveau des racines dédié aux échanges trophiques : la nodosité où la bactérie fixe l’azote atmosphérique et fournit des composés azotés à la plante hôte en échange de composés organiques dérivés de son activité photosynthétique. Ces plantes dites actinorhiziennes sont des plantes pionnières et constituent ainsi les premiers maillons d’une implantation pérenne d’un écosystème plus divers. Nos activités se déclinent sous deux thèmes pour comprendre (i) les mécanismes de l’interaction actinorhizienne et (ii) l’évolution et l’écologie de cette symbiose.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : génomique, transcriptomique, métabolomique (Centre d’Etude des Substances Naturelles), métabarcoding, fixation d’azote (Plateforme UMR 5557 AME), phénotypage de Frankia et de l’aulne (Plateforme Serre, FR).

Site internet : https://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/Equipes-de-recherche/Symbiose-actinorhizienne-SYM

Twitter : compte laboratoire @ecomicrolyon


SysMic : Fédération des Recherches Systèmes Microbiens (Pôle Clermontois)
Université Clermont Auvergne (UCA), INRAe

La Fédération des recherches SysMic comprend 4 Unités porteuses : UMR 6023 CNRS/UCA LMGE ; UMR 454 UCA/INRAE MEDIS ; UMR 1071 Inserm/UCA, USC INRAE 2018 M2iSH ; UMR 0545 INRAE/UCA/VetAgro Sup UMRF et 8 Unités associées.

L’objectif de la Fédération est d’associer l’ensemble des forces vives de recherche travaillant sur les microorganismes, en lien avec leur biotope, leurs intérêts en biotechnologie, en nutrition et dans le secteur de la santé. Les équipes de recherche de la fédération interagissent autour de 4 axes stratégiques interconnectés : holobionte, pathobiome, évolution génomique microbienne et biotransformation-bioprocédés. Ces recherches à l’interface Environnement-Nutrition-Santé permettront de répondre aux enjeux émergents liés, notamment, à l’écologie de la santé.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : ensemble des plateaux des unités de la fédération, en perspective un plateau culturomique.

Site internet :
https://www.uca.fr/recherche/structures-de-recherche/autres-structures-de-recherche/federation-des-recherches-systemes-microbiens-sysmic
Twitter : @UCAuvergne


Equipe TacC « Transfert d’ADN de cellule à cellule » du laboratoire de Microbiologie Moléculaire et Biochimie Structurale (MMSB), Lyon
CNRS UMR5086, UCBL1

Dans la nature, un des mécanismes principaux d’échanges d’ADN entre communautés bactériennes est la conjugaison. Ce mécanisme permet le transfert de plasmides dit conjugatif d’une bactérie donneuse à une bactérie receveuse par contact direct. L’importance de la conjugaison bactérienne dans la propagation de la multirésistance aux antibiotiques est bien établie et reconnue comme l’une des plus grandes préoccupations en matière de santé publique par les autorités sanitaires.
Notre équipe se concentre sur le mécanisme de transfert horizontal de gènes à l’échelle cellulaire chez les bactéries, en utilisant principalement la génétique et l’imagerie par microscopie à fluorescence de cellules vivantes associée à la microfluidique. Nos approches visent à fournir de nouvelles connaissances sur le processus de transfert d’ADN entre les cellules bactériennes. Il s’agit principalement (i) de déchiffrer la dynamique en temps réel du transfert d’ADN conjugué dans les cellules bactériennes vivantes (ii) d’étudier l’acquisition et l’établissement de la résistance aux antibiotiques par conjugaison dans le but de comprendre comment une bactérie commensale devient résistante aux antibiotiques et/ou pathogène par transfert horizontal de gènes et (iii) d’explorer la possibilité d’utiliser la conjugaison pour cibler et éliminer spécifiquement des pathogènes ou résistances aux antibiotiques in vivo.

Techniques clés et/ou plateaux technique : biologie moléculaire, génétique bactérienne, imagerie cellulaire, approches « omique » (Spectrométrie de masse, Chip-Seq, RNA-seq, Tn-seq).

Site internet : https://mmsb.cnrs.fr/en/team/cell-to-cell-dna-transfer-in-bacteria/
Twitter : @tacc_c


Equipe TrEE (Translational microbial Evolution and Engineering) à Laboratoire TIMC (Translational Innovation in Medicine and Complexity (Grenoble)
UMR5525 CNRS/ Université Grenoble Alpes

L’équipe TrEE s’intéresse à l’évolution microbienne et au dialogue hôte/microbe. Nous développons des approches fondamentales pour étudier des processus évolutifs et adaptatifs et étudions l’interface homme-microbe en santé notamment au niveau de la relation microbiote / métabolisme bactérien / immunité de l’hôte. Nous nous situons dans le champ de la microbiologie et des biotechnologies pour la santé dans un objectif d’innovation diagnostique et/ou thérapeutique.

Techniques clés et/ou plateaux techniques : Ingéniérie bactérienne, Protéines recombinantes, métabolomique non ciblée par LC MS/MS, Modèles animaux d’infection, de cancer, de maladies auto-immunes et analyses phénotypique et fonctionnelle de la réponse immunitaire par cytométrie en flux et/ou test in vitro.
Site internet : https://www.timc.fr/TrEE
Twitter : @TIMC_Lab